Compartir datos entre linux y windows

Hace mucho tiempo que llevo con la idea de compartir datos entre aplicaciones linux y windows. Ejemplos: emule, correo, torrents, documentos, ...
Son muchos los gigas que llegamos a ocupar como para tener que duplicarlos.
Mi idea inicial es usar siempre Linux (ubuntu) pero hay temporadas que tengo que usar mucho windows con lo que la solución ideas sería que pudiera hacer que programas equivalentes (emule/amule, azureus, thunderbird) compartieran los mismos archivos de datos.
He conseguido que emule y aMule compartan los mismos directorios temporales e incoming sin gran dificultad. Sólo he tenido que montar la partición NTFS desde linux y configurar el Amule para que use esos directorios como temporales e incoming.
Tengo bastante avanzado el hacer que el thunderbird de linux y el de windows compartan las carpetas.
El único problema que me he encontrado es que desde que lo hice Windows ha dado errores de archivos corruptos. No puedo asegurar que no sea culpa de ese, pues coincidió que tuve dos cortes de corriente mientras se ejecutaba emule, que tiene muchos archivos abiertos, lo que pudo corromper el sistema de archivos NTFS.
Seguiré investigando.